舞台は「まほうの学校」
魔女になる為に魔法の勉強をしている『リリカ』の物語。

まほうの学校は遠い海の上の大きな雲の中にある。
アンパンマンが帰る時、生徒の1人であるリリカが送ってあげることになった。

魔法少女の名前はリリカ。

アンパンマンやジャムおじさん達と仲良くなり、魔法を披露する。
その様子を見ていた、ばいきんまんとドキンちゃんはまほうを習うためにのまほうの学校へいく事にした。
お馴染みの変装で転校生として学校にもぐりこんだのだが、魔法を使える才能はなく呪文はどれもメチャクチャ。

ばいきんまんとドキンちゃんは、大魔法が使えるといわれる魔法の本の存在を知る。

そこである日の夜、先生が寝静まったあとに学校へ忍び込む。 大魔法が使える本と杖と眼鏡を見つけ出す。
ばいきんまんはその本とアイテムを使い闇の世界にしてしまったのだ！

魔法の島に戻ってきたアンパンマン達はすぐに異変に気付きまほうの学校へと向かう。
誰かが魔法を使っているとリリカは言う。

先生や友達達はばいきんまんが使った大魔法で他の姿に変えられてしまう。
ジャムおじさん達もばいきんまんの魔法で別の姿に変えられてしまう。

アンパンマンもやられてしまった…


果たして残されたリリカは、
ばいきんまんに打ち勝つことができるのだろうか？

そして姿を変えられてしまった、
みんなを元の姿に戻すことはできるのだろうか・・・？


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