アンパンマンの劇場版作品第2作。
『メコイスの壺』を巡るアドベンチャー物語。

またしても、アンパンマンに負けてたばいきんまん。
なんとかしてやっつけたいと、ばいきん仙人の元へ。

ばいきん仙人からメコイスの壺という不思議の力が込められた壺があると聞く。
そして３つの玉を受け取り、話もろくに聞かず飛び出していく。

一方… ヤーダ姫と相棒のレッサーが、メコイスの塔で不思議な壺を見つける。

お宝ある所に、ばいきんまん有り！
改良された、だだんだん3号に乗ったばいきんまんがメイコスの壺を奪っていく。

怪我をしてしまったヤーダ姫をアンパンマンが助け、パン工場に向かう。
休養したヤーダ姫は、ばいきんまんに奪われたメイコスの壺を取り戻しに行くとみんなに告げる。
アンパンマンも一緒にいくと言い、ジャムおじさん、バタコ、めいけんチーズと共にばいきんまんを探しに向かう。

今回のばいきんまんは一味違う！
ばいきん仙人からもらった３つの変身玉を巧みに使い、大きな怪獣に変身する！

そしてメイコスの壺の封印を解くと、ばいきんまんがとても大きな
「ばいきん大魔王」に大変身！

果たしてアンパンマン達はどうなってしまうのか…？
そして、ヤーダ姫の祖国は甦ることができるのか…？

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